Doktorskom disertacijom doktorand, obično pri završetku trogodišnjega doktorskog studija, dokazuje da je kadar samostalno baviti se znanstvenim radom u pojedinom području. Stoga disertacija mora sadržavati izvoran doprinos znanosti, u načelu zasnovan na vlastitom istraživanju. Ne bi se smjela ograničiti samo na pregled i analizu već poznatih činjenica, osim ako ne donosi bitno nove zaključke, različite od svih dotad objavljenih ili, još bolje, ako na njima uspijeva temeljiti novu primjenjivu teoriju.
Naravno da se metodologija pritom razlikuje, ovisno o tipu znanosti. Razlikuju se i tipovi disertacija.
Uobičajen tip je monografija, cjelovit rad u kojemu se iznosi jedna ili više teza, koje se dokazuju kroz istraživanje i diskusiju njegovih rezultata. Doktorand može iznositi i dokazivati svoje teze, a može kritički valorizirati i eventualno osporavati tuđe teze, ali vazda na temelju vlastitog istraživanja. Taj je model naslijeđen još iz srednjevjekovnih studija.
Postoji i takozvani skandinavski model: doktorski rad sastavljen od već objavljenih znanstvenih radova, pri čemu se preferira, a često i uvjetuje, da se koriste samo radovi izrađeni u sklopu istraživanja na doktorskom studiju, objavljeni poslije upisa na taj studij (ako su posrijedi grupna istraživanja, nužno je da je doktorand pri izradi konkretnog rada sudjelovao u znatnom dijelu, npr. sa 67-75 posto). Ti se radovi objedinjuju zajedničkim uvodom i zajedničkim zaključcima.
Bez obzira na različite metodologije i različite modele, ostaju isti neki osnovni zahtjevi koji se postavljaju pred doktorande pri izradi disertacije. To se djelomice odnosi na strukturu disertacije, a u potpunosti na razinu samostalnosti i originalnosti koju doktorand mora pokazati.
Budući da je doktorska disertacija ili teza ne samo samostalan znanstveni rad nego i pismeni dio najzahtjevnijeg ispita u znanosti (usmeni dio je javna obrana te teze), pri njezinoj izradi je potrebna maksimalna (što ne znači ekscesivna, nego puna i sveobuhvatna) strogost. I profesionalna i etička.
Disertacija u načelu nije namijenjena širokoj publici nego stručnoj javnosti, koju zastupa povjerenstvo za obranu doktorskog rada. Naravno da nije zabranjen živ i privlačan stil, gdje je i ako je moguć, ali on nije kriterij. U znanstvenim monografijama namijenjenima publici, ponekad i veoma širokoj, pa i u knjigama napisanima na temelju vlastite disertacije, dio teza i argumenata mogu se podrazumijevati, poneka pitanja mogu se i zanemariti ako odvlače od glavnog toka - ali u doktorskoj disertaciji to zapravo ne bi smjelo biti dopustivo: u njoj je potrebno svaki zaključak dosljedno izvoditi iz rezultata istraživanja, a s obzirom na odabranu ili osporenu teorijsku paradigmu od koje se polazi odnosno kojoj se teži.
I zbog toga, a i zbog zahtjeva znanstvene originalnosti, koji je condicio sine qua non samog doktorata, nužno je da svako korištenje tuđih teorija, istraživanja ili inih tekstova, jednako kao dokumenata i ostalih izvora, bude skrupulozno referirano (tako referiran izvor zove se referencijom, a referirani navod odnosno izvod se naziva citatom). Postoji više načina bilježenja referencija (navođenje autora, godine izdanja i stranice u zagradama u tekstu, uz cjelovite referencije u literaturi, uvezeno iz Amerike i osobito iz medicine, sve više i u Evropi potiskuje tradicionalno navođenje referencije u bilješci u dnu stranice, tzv. fusnoti; moguće su i bilješke na kraju poglavlja ili knjige), ali male su razlike u obilježavanju citata: oni moraju biti uokvireni navodnicima ili istaknuti drukčijim slogom (npr. duljih navoda u uvučenim odjeljcima). U znanstvenim tekstovima sasvim je dopustivo sažimanje (parafraziranje) teze iz izvornika, dakle bez navodnika ako nije doslovan navod, dakako uz neizostavnu referenciju. U disertaciji, pa i zbog puke provjerivosti interpretacije, poželjno je da se izvorni navod u cjelini donese barem u bilješci. Podjednako tako je poželjno da uz prevedeni navod bude, također u fusnoti, donesen isti citat na izvornom jeziku. Razumijemo da to može biti gnjavaža “običnom” čitatelju i trošak nakladniku - ali disertacija nije namijenjena prvome niti je briga drugoga. Ona je prvi, glavni i (uslijed zakonom obvezatne pohrane) trajan dokaz kvalificiranosti doktoranda da se iz te ljušture iščahuri u doktora.
Tipična uredna disertacija na početku mora imati sadržaj i sažetak, za njima uvod u kojemu se diskutiraju tema i svrha rada, pa teorijski dio koji donosi pregled relevantnih teorija, argumente doktoranda zašto se za nešto od toga opredijelio, a zašto je ostalo odbacio, odnosno njegovu originalnu teorijsku varijantu, zatim ključna pitanja, po potrebi tok, te rezultate istraživanja (oni mogu u ekstenzivnom obliku - kao potpune tablice, cjeloviti dokumenti, ankete, snimci itd. - biti i u prilozima), njihovu diskusiju, te zaključke u kojima se ponavljaju ključni rezultati i naglašava u čemu je nov i originalan prilog znanosti. Završni dio čini cjelovita bibliografija: izvorni dokumenti, primarna i sekundarna literatura, eventualno razdijeljena na teorijsku i analiziranu itd., s preciznim navođenjem izdanja, odnosno URL-a s podatkom o dostupnosti itd.
Postoje sveučilišni sustavi (u Španjolskoj, Italiji itd.) gdje to doktorand radi sam i u redovitim razmacima izvješćuje vijeće studija dokle je stigao, a u Hrvatskoj je (kao i u Austriji, Njemačkoj, Engleskoj ili USA itd.) doktorandu lakše utoliko što bira jednoga od doktora u istoj ili sličnoj grani da mu bude mentor. Neukusno je birati za mentora autora čije radove doktorand kani citirati. Mentor nadzire i po potrebi usmjeruje, potičući ponajprije na samostalan rad, pritom upućuje na relevantnu metodološku odnosno tematsku literaturu, provjerava kvalitetu istraživanja i izvještavanja po fazama, upozorava na eventualnu znatnu pogrešku koja bi mogla obezvrijediti rad, te provjerava njegov rezultat prije predočenja rada (bilo profesoru, bilo povjerenstvu) radi ocjenjivanja odnosno obrane. Mentor je odgovoran ako - uslijed nemara ili neznanja - dopusti da rad ne bude skrupulozno fundiran, organiziran, izložen i dokazan, a još je veća njegova odgovornost ako je rad makar djelomice plagiran, pa čak i ako je nehajem dopustio da se pojavi sumnja na plagijat uslijed nemarnog bilježenja.
Doktorat je, naime, ulaznica u znanost - pa ona mora biti brižno provjerena i ovjerena.