U ožujku 1994. u Washingtonu je postignut okvirni sporazum o uspostavi hrvatsko-bošnjačke Federacije u Bosni i Hercegovini, do danas poznat pod nazivom Washingtonski sporazum. Jednom od njegovih odredbi, koju su potpisali predsjednik Republike Hrvatske Franjo Tuđman i predsjednik Predsjedništva Bosne i Hercegovine Alija Izetbegović, predviđeno je i sklapanje međudržavnog Sporazuma o posebnim odnosima između Republike Hrvatske i Federacije Bosne i Hercegovine.
U vrijeme sastavljanja ovog sporazuma među njegovim akterima počelo se razgovarati o tome na koji će se način u budućnosti odvijati promet kroz Neum, tada jedini cestovni prolaz kojim se na krajnjem jugu moglo iz Hrvatske doći u Hrvatsku te koji će biti status luke Ploče. Dogovoren je i Sporazum o Luci Ploče i nesmetanom prolazu kroz Neum koji će biti potpisan četiri godine poslije u sklopu Sporazuma o posebnim odnosima između Republike Hrvatske i Federacije Bosne i Hercegovine, ali nikad nije ratificiran u Saboru. Njime je praktički Bosni i Hercegovini omogućeno neometano korištenje Luke Ploče i svojevrsni protektorat nad njom dok je Hrvatska zauzvrat dobila pravo neometanog prolaza ljudi i roba cestovnim koridorom kroz Neum. Ta će odredba godinama kasnije biti točka razdora između Hrvatske i Bosne i Hercegovine, a u konačnici će inzistiranje vodstva BiH na gradnji koridora do Ploča i dovesti do konačne odluke o gradnji Pelješkog mosta.
Politička vodstva BiH na svaki su spomen gradnje mosta podizala veliku političku buru. Tvrdilo se kako Hrvatska njegovom gradnjom Bosni i Hercegovini zatvara prolaz prema otvorenom moru i da prvo treba utvrditi granicu između dviju država. Istodobno je od Hrvatske konstantno traženo podizanje visine mosta. Tako se s prvotnih 30 došlo na 55 metara. Godine 2007., kada je odabran izvođač za gradnju mosta, Predsjedništvo BiH usvaja zaključak kojim i službeno od Hrvatske traži da zaustavi gradnju Pelješkog mosta dok se ne riješi otvoreno pitanje vezano uz identifikaciju morske granične crte i pristupa BiH otvorenom moru. Hrvatska Vlada zahtjev odbija.
Godine 2012. i 2013. bile su vrijeme žestokog hrvatskog lobiranja unutar Europske komisije da Bruxelles prihvati financiranje gradnje mosta. S druge strane, predstavnici Bosne i Hercegovine pokušali su to onemogućiti. Siniša Hajdaš Dončić danas tvrdi kako je tadašnji europski povjerenik za regionalnu politiku Johannes Hahn bio veliki protivnik gradnje mosta i zagovarao je argumente Bosne i Hercegovine da Hrvatska njegovom gradnjom krši međunarodno pravo izlaza na otvoreno more BiH.
"Tek dolaskom Corine Cretu na položaj povjerenice za regionalni razvoj i Violete Bulc kao povjerenice za promet stvari su se počele mijenjati u našu korist", prisjeća se Hajdaš Dončić. Godine 2018., paralelno s početkom gradnje mosta, pokrenut je posljednji pokušaj BiH da zaustavi gradnju mosta. Iako je Europska komisija odobrila financiranje te potvrdila kako Hrvatska njegovom gradnjom ne krši međunarodne zakone, iz Sarajeva stiže najava tužbe protiv Hrvatske Međunarodnom sudu za pravo mora u Hamburgu. Glavni je argument bošnjačkih lidera da će Pelješki most spriječiti ulazak većih plovila u akvatorij Neumskog zaljeva, ali i ugroziti pristup BiH otvorenom moru.
Iz Hrvatske odgovaraju kako se gradnjom mosta ne krše prava BiH o neškodljivom prolazu te da se most gradi na hrvatskom teritoriju, 500 metara od privremene crte razgraničenja koja se primjenjuje. Službeni Zagreb javno demonstrira smirenost i želju za smirivanjem tenzija. No, iza zatvorenih vrata smišlja se plan kako onemogućiti Bosnu i Hercegovinu da krene u postupak podnošenja tužbe jer bi i sam proces, bez obzira na konačnu presudu, bio kamen oko vrata projektu, ali i državnoj politici.
Bošnjačke stranke pokrenule su inicijativu u Parlamentu BiH o zaustavljanju radova na Pelješkom mostu dok se ne riješi pitanje morske granice kod Neuma. Za tu inicijativu važan je bio ishod glasanja u Domu naroda, u kojem bošnjačke stranke nemaju većinu, a hrvatski zastupnici uz pomoć Stranke nezavisnih demokrata Milorada Dodika, predsjednika Republike Srpske, mogu srušiti inicijativu i podržati gradnju mosta.
Stoga je službeni Zagreb upravo Milorada Dodika vidio kao glavnog saveznika u onemogućavanju tužbe te je počela operacija "Most za most". Miloradu Dodiku Pelješki most politički i geostrateški ne znači ništa, ali mu je važan novi most Gradiška preko rijeke Save, najkraći i najbrži izlaz Republike Srpske u Europsku uniju. Za Hrvatsku, pak, taj most nije od vitalnog značaja. U tom kolopletu interesa Milorad Dodik i Hrvatska našli su se na istoj strani. Službeni Zagreb odlučio je Dodiku ponuditi brzu gradnju mosta Gradiška za podršku u gradnji Pelješkog mosta i blokiranju prijedloga o podizanju tužbe protiv Hrvatske u Predsjedništvu BiH. Dogovor je brzo sklopljen. Dodik je od hrvatskog ministra mora, prometa i infrastrukture dobio jamstvo da će Zagreb financirati gradnju pola mosta Gradiška i da će u najkraćem roku biti raspisan natječaj za izvođače radova, a Dodik je obećao podršku svoje stranke gradnji Pelješkog mosta u Parlamentu BiH i blokadu prijedloga tužbe u Predsjedništvu.
Nakon što je u Domu naroda propala inicijativa za zaustavljanje radova na Pelješcu, članovi Predsjedništva BiH trebali su donijeti zaključak o podnošenju tužbe. U studenome 2018. godine formira se novo Predsjedništvo u koje ulaze Željko Komšić, Šefik Džaferović i Milorad Dodik, koji je prvi od njih predsjedavajući.
Pet mjeseci poslije,16. ožujka 2019., u Sarajevu se održava sjednica Predsjedništva, a jedna od točaka dnevnog reda je prijedlog zaključka kojim se Hrvatska poziva da zaustavi gradnju Pelješkog mosta te da se razgovorom riješe sva otvorena pitanja. U suprotnome, BiH će pokrenuti postupak mirenja, a bude li to potrebno, pokrenut će postupak pred Međunarodnim sudom za pravo mora. Zaključak mora biti jednoglasno usvojen.
Za njega su glasali članovi Predsjedništva Željko Komšić i Šefik Džaferović, a Milorad Dodik bio je protiv te se pozvao na pitanje vitalnog nacionalnog interesa. Istog tog dana kada je Dodik u Sarajevu branio Pelješki most kao vitalni interes srpskog naroda, u Zagrebu je svečano potpisan ugovor s izvođačima radova za gradnju mosta Gradiška. Dodik je od Narodne skupštine Republike Srpske zatražio da dvotrećinskom većinom podrži njegov stav čime odluka Predsjedništva automatski postaje nevažeća. Skupština je to podržala i time je spriječena posljednja mogućnost Bosne i Hercegovine da pravnim putem zaustavi gradnju Pelješkog mosta.