Markica Rebić je tijekom 90-ih godina prošlog stoljeća bio osnivač vojne obavještajne službe SIS i Hrvatske izvještajne službe, pet godina bio je pomoćnik ministra obrane za sigurnost i zadužen za sve obavještajne i protuobavještajne operacije u ratu te savjetnik predsjednika Franje Tuđmana za nacionalnu sigurnost.
U velikom dijelu javnosti optuživalo ga se za organiziranje praćenja novinara i nevladinih organizacija, skrivanje časnika optuženih za ratne zločine te da je zajedno s Ivićem Pašalićem koristio vojnu obavještajnu službu za rješavanje sukoba unutar HDZ-a.