ZAGREB - HDZ su u 20 godina od osnivanja potresle tri velike krize - 1989. prilikom samog osnivanja, zatim 1994. kada su Stjepan Mesić i Josip Manolić zamalo smijenili Franju Tuđmana te 2000. godine kada je Ivo Sanader na burnim unutarstranačkim izborima pobijedio Ivića Pašalića.
‘Miniranje’ skupštine
Već samo osnivanje HDZ-a otpočelo je “krizom”. Inicijativna skupina okupljenih oko Franje Tuđmana, koju je vodio Josip Manolić, “minirala” je osnivačku Skupštinu u hotelu Panorama te je, bez znanja većine sudionika skupa, prebacila u prostorije zagrebačkog NK Borac na Jarunu. Plan je bio da se onemogući eventualni izbor Marka Veselice ili Drage Stipca, glavnih konkurenata Tuđmanu za vođu HDZ-a. Na Jarunu su se tako okupili samo pristaše Franje Tuđmana. Na toj sjednici osnovan je HDZ, a Tuđman je uz pomoć glasačke mašinerije “slavonske grupacije”, koju su vodili Vladimir Šeks i Branimir Glavaš, izabran za šefa stranke. Veselica kasnije osniva neučinkoviti HDS, a Stipac preuzima obnovljeni HSS.
Druga velika kriza koja je potresla HDZ i gotovo dovela do skidanja s vlasti tadašnjeg predsjednika Franje Tuđmana zbila se tijekom ratnih 1993.-1994. godine. U HDZ-u su se rasplamsali frakcijski sukobi, uglavnom prouzročeni vladajućom politikom prema BiH. Planuo je sukob između Hrvata i Bošnjaka u BiH, osnovana je paradržavna tvorevima Herceg-Bosna te je time Hrvatska izgubila velik dio prednosti koju je imala u odnosu na Srbiju u međunarodnoj zajednici. Na jednoj strani je bila radikalno desna struja koju je predvodio tadašnji ministar obrane Gojko Šušak, koji je zagovarao podjelu BiH, dok su na drugoj strani bili “umjerenjaci” koje su vodili tadašnji predsjednik Županijskog doma Sabora Josip Manolić (sukob je počeo kada je Manolić bio šef obavještajne zajednice te je premješten u Sabor da ga se neutralizira) i tadašnji predsjednik Sabora Stjepan Mesić, koji su zagovarali prekid sukoba s Bošnjacima.
Tuđman bio prejak
Franjo Tuđman se opredijelio za Šuškovu struju te je Mesiću ponuđeno mjesto veleposlanika u Beogradu. Tada su Mesić i Manolić počeli agitirati među HDZ-ovim saborskim zastupnicima pokušavajući ih privoljeti na svoju stranu. Bilo je to dramatično vrijeme i borba za svaki glas. U jednom trenutku činilo se da Mesić i Manolić imaju dovoljno zastupnika (tzv. tehnomenadžerska struja na početku je bila uz njih) da uz pomoć oporbe izglasaju nepovjerenje Vladi HDZ-a. No, Tuđman je bio prejak te je odnio pobjedu, a Mesić i Manolić osnivaju novu stranku HND.
Nova kriza buknula je nakon smrti predsjednika Franje Tuđmana te poraza na izborima 3. siječnja 2000.. Mnogi vodeći članovi stranke otpočinju borbu za novog lidera. Pred odlučujući 5. Sabor HDZ-a izdvojila su se dva imena - Ivo Sanader, kao lider reformističke i “proeuropske struje” te Ivić Pašalić, ideološki i interesni nasljednik frakcije Gojka Šuška. Na kongresu stranke u dvorani Lisinski “slavonska grupacija” ponovno je odigrala važnu ulogu. Sanader je izabran za Tuđmanova nasljednika. Glasanjem su rukovodili Vladimir Šeks te Branimir Glavaš. Većina HDZ-a ostaje uz Sanadera, a Pašalić osniva Hrvatski blok, a neki drugi disidenti pak osnivaju slabi DC te HIP.