Ratnog zločinca Gorana Hadžića Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (ICTY) optužuje u 14 točaka za zločine protiv čovječnosti i kršenje ratnog prava i običaja zbog progona nesrpskog stanovništva, njihova ubijanja, uništavanje njihovih sela, deportiranje, pljačku, razaranje kulturnih i vjerskih objekata i druge nehumane postupke.
Najteža točka optužnice je ona koja Hadžića tereti za pokolj na Ovčari gdje je 250 Hrvata izvedenih iz vukovarske bolnice streljano 1991. godine. Hadžić je također optužen za sudjelovanje u udruženom zločinačkom pothvatu kojeg je predvodio bivši srpski predsjednik Slobodan Milošević, a kojem je cilj bilo prisilno i trajno uklanjanje nesrpskog stanovništva s trećine prostora Hrvatske te progone i ubojstva nesrpskog stanovništva iz Klisa, Lovrasa, Erduta, Dalja, Vukovara i drugih hrvatskih naselja. Hadžića se tereti da je osmišljavao politiku progona, vjeruje se da ju je poticao i da je u nekim od zločina i osobno sudjelovao. Također ga se optužuje za zločine nad Hrvatima zatočenima u logorima Stajićevu, Begejcima, Sremskoj Mitrovici, Šidu i Zrenjaninu, koji su bili smješteni na području Srbije, kao i u sličnim objektima koji su se nalazili na okupiranim područjima Hrvatske.
Hrvatski sudovi u Osijeku i Šibeniku su Hadžića 1995. godine u odsutnosti osudili na 10 i pol, to jest 20 godina, a njegovo ime se našlo prvo na popisu 150 Srba koje je vlada 1997. godine izuzela iz Zakona o amnestiji. Hrvatsko je sudstvo 2003. godine Hadžića, zajedno s još devet osoba iz vrha JNA i vlasti Republike Srpske Krajine, optužilo za zločine koji su 1991. godine počinjeni u Vukovaru .
U bijegu je od 16. srpnja 2004. godine, kada je Haaški sud protiv njega podigao optužnicu zbog zločina nad Hrvatima i drugim nesrpskim stanovništvom u istočnoj Slavoniji u razdoblju od 1991. do 1993. godine. Samo nekoliko sati prije nego mu je predana optužnica Hadžić bježi iz svog doma u Novom Sadu i do uhićenja mu se gubi svaki trag.
Pretpostavljalo se kako su ga istomišljenici sklonili u mnoge zemlje Istočne Europe, a navodno je bio viđen u Bugarskoj, Rusiji, Bjelorusiji. Podrobnija istraživanja u te tvrdnje nikada nisu dovela do rezultata.
Hadžić je bio posljednji član trojca ratnih zločinaca kojeg je činio zajedno s Ratkom Mladićem i Radovanom Karadžićem , a koji se smatraju najodgovornijima za ratna stradanja na području bivše Jugoslavije. Kako bi lakše došla do informacija koje bi dovele do njegova uhićenja, srpska je vlada prošle godine podigla nagradu za informaciju koja bi dovela do njegova uhićenja sa 100 tisuća na čak milijun eura.