Od dolaska na ministarsku poziju 2004. godine Božidar Kalmeta prikupio je zavidan broj afera. No, zbog svoje jake političke baze čini se da ga je teško smijeniti s njegove pozicije. Pojedini analitičari smatraju da ga premijerka nema snage smijeniti, već se pouzdaje u dokazne materijale USKOK-a da bi Kalmeta pao sam od sebe pritisnut policijskim dokazima. Zasad ga nisu uspjele srušiti afere u prometnom sektoru, vozač reketar, navodno financiranje Gotovine... Ima li Kalmeta, kao i mačka, devet života?
Ante Gotovina
Stanko Banić, bivši direktor Tankerske plovidbe, optužio je Kalmetu da je 2003. od njega tražio novac za financiranje bijega Ante Gotovine. Kalmeta je sve optužbe odbacio, tvrdeći da nikad nije sudjelovao u financiranju Gotovine.
Danijel Miočić
Ministrov vozač osuđen je za reketarenje građevinskih poduzetnika, a tvrdilo se da je reketarenje obavljao pod krinkom financiranja bijega Ante Gotovine. Kalmeta je bio ljut što mu policija nije otkrila da obrađuje njegova vozača te tvrdio kako nije znao čime se Miočić bavio.
Zvonko Lisica
Zvonko Lisica u kolovozu prošle godine uhićen je zbog kamatarenje 60-godišnjaka i njegova 25-godišnjeg sina. Tijekom praćenja Lisice, policija je prisluškivanjem uhvatila 26 telefonskih poziva Lisice Kalmeti.
Oteto zemljište
Policija istražuje zašto je Općinski sud u Zadru na zahtjev tadašnjeg zadarskog gradonačelnika Kalmete 2003. godine 58 vlasnika zemljišta na Višnjiku proglasio nestalima. To je Gradu Zadru omogućilo upisivanje kao vlasnika spornog zemljišta koje je potom prodano privatnom poduzetniku Mladenu Ninčeviću.
Brza cesta Gaženica - Zadar2
Cijena gradnje ove ceste porasla je sa 273 na 446 milijuna kuna. Osim ogromnog porasta troškova zgradnje, Kalmetu se optužuje da je s određenim tvrtkama dogovorio postotak koji moraju uplatiti kako bi gradili prometnicu. Policija i USKOK su navodno potkraj 2010. otvorili istragu o ovom slučaju.
Fimi-Media
Ministarstvo prometa bez natječaja je s Fimi-Mediom ugovorilo izradu filma o gradnji autocesta u vrijednosti od pola milijuna kuna. Film nikad nije prikazan, a Kalmeta je tvrdio da nije predstavljen kako ih oporba ne bi optuživala da je korišten u predizborne svrhe. Nikad nije razjašnjeno zbog čega je angažirana tvrtka Nevenke Jurak.
Afera Nesklad
Nekoliko dana prije nego što će ih policija pritvoriti, Kalmeta smjenjuje dva člana Uprave HAC-a, Juricu Prskala i Marija Lovrinčevića. Tvrdi da je to zbog loše klime u tvrtki. Kada je objavljeno da su uhićeni zbog poslovanja s tvrtkom Skladgradnja, Kalmeta je tvrdio da o tome ništa ne zna.
Skupština društva
Kalmeta je jedini član Skupštine Hrvatskih autocesta i u ime nje donosi odluke. U Skupštini zastupa Vladu. Bez obzira na tako odgovornu dužnost, ministar konstantno tvrdi da ništa ne zna o aferama koje su se događale u tvrtki niti o tome da je netko krao novac.
Promjene trasa i podizanje cijena
Dok su članovi Uprave HAC-a protuzakonito mijenjali trase autocesta i dizali cijene gradnje u nebesa, Kalmeta se nije oglašavao. Tvrdio je da ništa ne zna o dogovaranjima među izvođačima niti dodatnim aneksima ugovora.
Financije
Tek na pritisak javnosti smijenio je šefa financija HAC-a Josipa Sapunara koji ga u svom iskazu tereti da je tražio da HAC posluje s Fimi-Mediom. Kalmeta to naravno odbacuje i tvrdi da su sve to laži.