Već na samom početku rata Ive Mihovilović je bio uvelike angažiran u ilegalnim organizacijama pokreta otpora ustaškim vlastima u Zagrebu. On je, naravno, vrlo loše primio dolazak ustaša na vlast, ne samo stoga što je to za njega značilo prekid uspješne novinarske karijere i egzistencijalne nedoumice, nego i stoga što je to vidio kao još jednu pobjedu globalnog nacifašizma, i još jednu prepreku u borbi istarskih Hrvata za nacionalnu i političku emancipaciju, ali i - zbog ustaške antižidovske politike - kao izravnu prijetnju njegovoj obitelji.
Kad je Ante Pavelić 18. svibnja 1941. u Rimu potpisao u ime NDH s Italijom tzv. Rimske ugovore, bilo je jasno da se NDH neće truditi da se Istra vrati u sastav hrvatskog nacionalnog korpusa, nego je Pavelić tim ugovorima - štoviše - Italiji prepustio da anektira još neke značajne dijelove hrvatskih teritorija u Dalmaciji, a dopustio da Italija kontrolira i dodatni teritorij u unutrašnjosti.
Partizanska veza
Vremenom Mihovilović stječe pravo ratno ilegalno, pa i obavještajno iskustvo. Postaje veza za odlazak mnogih u partizane, pa je bio i organizator neuspješnog pokušaja njegova kuma Franje Fuisa da avionom iz Zagreba prebjegne na oslobođeni partizanski teritorij. Mihovilović je bio zamoljen da pokuša organizirati i i akciju prebacivanja Miroslava Krleže u partizane. No, sam Krleža bio je neodlučan, a potpuno je odustao kada je Mihovilović dobio pomalo nejasnu ali zabrinjavajuću, depešu od partizanske veze sa Žumberka - “Neka dođe do Mitnice pa ćemo vidjeti”.
Mihovilović je kasnije bio organizator prelaska Augusta Košutića, jednog od vođa HSS-a u partizane. HSS je od početka rata vodio sasvim pasivnu politiku, Košutić se nije slagao s politikom čekanja, koju je zastupao vođa stranke Vladko Maček. Naime, početkom 1944. godine bilo je jasno da Nijemci stoje vrlo loše te kako se ratna sreća potpuno okrenula. Osim toga, partizanski pokret sve je više jačao, ostvarivao veze sa saveznicima i izlazio na međunarodnu scenu, tako da je Košutić uvidio da HSS gubi političku poziciju. No razlog Košutićeva odlaska u partizane krajem ljeta 1944. nije bilo toliko uspostava veze s tim pokretom, koliko se želio povezati s britanskom vojnom misijom kod Tita, kako bi uspostavio direktnu vezu s britanskim premijerom Winstonom Churchillom i objasnio mu poziciju HSS-a. Konačno, u vojnoj misiji kod Andrije Hebranga u Topuskom bio je Churchillov sin Randolph.
Košutić je imao, osim toga, malo preambiciozan plan - želio je da u borbi protiv ustaša HSS bude posve ravnopravan partizanskom pokretu, odnosno KP-u. Rukovodstvo NOP-a u Hrvatskoj, čije je stavove formulirao tadašnji sekretar CK KP Hrvatske Andrija Hebrang, prihvaćalo je inicijativu za pregovore s vodstvom HSS-a, ali uz naglašene rezerve prema njegovim namjerama. I dalje se polazilo od stajališta da HSS ne može biti kolektivno primljen kao punopravni partner, nego samo na osnovu pojedinačnog uključivanja njegovih članova u borbu. Tito je, uzimajući u obzir međunarodne interese NOP-a, odnose sa zapadnim saveznicima, prije svega s Britancima, bio za elastičan odnos prema HSS-u, protiv sektaškog, frontalno odbojnog odnosa prema toj stranci, kakav je imao Hebrang. U skladu s tadašnjim Titovim pragmatizmom prihvaćeno je stajalište da se s Košutićem nastave kontakti. No, partizanima se nisu svidjeli Košutićevi kontakti s Britancima pa je prema depeši Aleksandra Rankovića, OZNA na partizanskom teritoriju pratila Košutića, a potom ga je i uhitila, kada su se političke okolnosti promijenile. Hebrangu se i inače nije svidjelo da se Košutić sastaje s Englezima, pa je OZNA poduzela akciju. Randolphova je sklonost alkoholu, a posebno prema domaćoj rakiji, bila opće poznata. OZNA mu je, nakon sastanka s Košutićem, dok je on ležao pijan, ukrala torbu s dokumentima koje mu je donio Košutić. Među svim tim papirima i HSS-ovim prijedlozima, u Randolphovim bilješkama nađeno je i ime Ive Mihovilovića, kao veze Košutića s partizanima. Tito je dogovorio s Britancima suradnju s banom Subašićem, pa je izgubio interes za Košutića, prema kojem su se ohladili i sami Englezi. Partizani su u listopadu 1944. godine Košutića uhitili.
Stalna uhićenja
Ive Mihovilović je, unatoč sve opasnijoj situaciji, ostao u Zagrebu. Tadašnji partijski šef u Zagrebu Norbert Veber, zvan Matija, imenovao je Mihovilovića ujesen 1944. za šefa tzv. VIII. kotara, nove teritorijalne organizacije ilegalnog pokreta. Ustaše sve više gube živce, vidjevši da gube rat. Uhićenja, smaknuća i provođenja po Zagrebu bila su stalna. No, ustaše u Zagrebu nisu zaboravili na bjegunca Košutića. Pavelić je naredio veliku istragu da se pronađu i pohapse svi sudionici urote Lorković - Vokić s kojima je i Košutić prije odlaska u partizane imao veze. Grubo su ispitivani svi koji su s time imali bilo kakve veze pa i svi Košutićevi suradnici i njegovi rođaci. Ustaški policajci htjeli su saznati kako je Košutić pobjegao u partizane, o tome su posebno ispitivali članove njegove obitelji. Neki od njih ustašama su otkrili da je veza bio Ive Mihovilović. Bili su vrlo kivni na njega, tvrdili da je na prijevaru uvukao Košutića u partizansku zamku kako bi ga partizani uhitili i eliminirali iz politike. Kad su Košutića partizani u Topuskom zaista uhitili, neki članovi njegove obitelji tražili su od ustaških vlasti da kazne Mihovilovića. Mihovilovića su ustaše 21. prosinca 1944. uhitili i odveli u zatvor u Savskoj cesti, koji je za vrijeme NDH služio za zatvaranje političkih zatočenika, uglavnom komunista i talaca, gdje je bio zvjerski mučen.
No, u Zagrebu je bila pokrenuta akcija da se Ivu Mihovilovića izvuče iz zatvora. Kad je Mihovilović uhapšen, njegovi prijatelji znali su da je u smrtnoj opasnosti pa su se samoinicijativno angažirali da ga pokušaju spasiti. Neke od tih inicijativa bile su hrabre, ali bez izgleda za uspjeh. Neki od njegovih suradnika ilegalaca poduzimali su napore da mu pomognu. Angažirali su se i drugi. Ključne su bile tri inicijative, zahvaljujući kojima je Mihovilović tih pet mjeseci, koliko je proveo u ustaškom zatočeništvu, ostao živ. Njegova situacija neprestano se mijenjala, nekoliko puta bio je u opasnosti da bude smaknut, jednom je spašen praktički “s vješala”, u pojedinim fazama te tri inicijative djelovale su koordinirano, u drugim fazama sasvim odvojeno, a svaka je od njih u nekoj od situacija bila odlučujuća za Mihovilovićevo preživljavanje. Vremena su bila neizvjesna, a gotovo svakodnevno su ustaše iz tog zatvora odvodili ljude na vješanja i strijeljanja. Čak se pojavila i informacija da je kod Oroslavja u jednoj skupini zatočenika ubijen i Mihovilović. I Josip Horvat, prijeratni urednik Jutarnjeg lista, napisao je to u svojem dnevniku. No, ta vijest nije bila točna.
Sestra i žena Mihovilovića obratile su se za pomoć i Ernestu Radetiću, koji zbog nekih ranijih sukoba nije baš simpatizirao Ivu, ali kako je kazao “kao dobar čovjek, Hrvat, rodoljub i vjernik” pokušao je pomoći da se spasi Mihovilović i još neki zatočeni Istrani, pa se obratio i samom nadbiskupu Alojziju Stepincu. Sam Radetić o tome piše - Kuda će njihove žene i sestre i braća nego kod “dobrog” čovjeka Radetića, koji nikada u svom životu nikome koji se na njega obratio, ma i u najsitnijoj potrebi, nije rekao: “Ne” ili “Ne mogu”, a pogotovu, pak, “Neću” (…) Neću da se hvalim, no, ja sam u tom pogledu bio beskompromisni Hrvat i rodoljub, uz to još i vjernik, te imao uvijek isti načelan stav: nikada i nikome odbiti molbu za pomoć, ma u kakvom obliku, pogotovo, pak, ako se radi o članu tvog naroda, bez obzira kakav on čovjek po svojem karakteru bio, kakvog on političkog ili svjetonazora bio.
Popis za smaknuće
Stepinac je tada zvao jednog od najmoćnijih ljudi ustaškog režima Andriju Artukovića te se založio za Ivu Mihovilovića te još neke ljude. On je obećao, uz poruku - “Ja ću učiniti što mogu, a znajte kad oni dođu na vlast, neće imati milosti za nas”. Artuković nije pustio iz zatvora Mihovilovića, ali ga je barem skinuo s popisa za smaknuća. Za Mihovilovića je intervenirala i poznata glumačka zvijezda HNK, lijepa i talentirana Marija Crnobori.
“Nakon što je Ive Mihovilović uhićen, Marija Crnobori se također angažirala da pomogne njemu i obitelji. U Mariju Crnobori bio je bezglavo zaljubljen bliski Pavelićev suradnik Ante Moškov, zapovjednik Pavelićevog Tjelesnog zdruga, iako ona na to nije reagirala. Marija Crnobori je gotovo stalno boravila u stanu obitelji Mihovilović u Buconjićevoj, nastojeći na svaki način pomoći trudnoj Elinor, koja je skrbila o dvoje male djece, no i Vilmi, koja je ratne zagrebačke godine, u opasnosti zbog svojeg židovskog porijekla, proživjela “nevidljiva”, uglavnom zatvorena u kući. Znala je da su za Ivu Mihovilovića intervenirali svi viđeniji i utjecajniji ljudi iz istarske emigrantske zajednice. Intervenirao je i njezin bratić Josip Crnobori, koji se tijekom NDH kao slikar snažno afirmirao, sudjelovao na raznim izložbama, čak i na Venecijanskom bijenalu. On je 1943. godine napravio i portret poglavnika Ante Pavelića. Za Mihovilovića je intervenirao kod bivšeg ministra vanjskih poslova, vrlo utjecajnog Mile Budaka i kod nekih drugih. U vezi s Mihovilovićem i Marija Crnobori je kontaktirala Radetića, koji se sjećao: “Jedan je dan došla i poznata glumica i recitatorica Marija Crnobori da mi javi kako je sinoć bila na jednoj ustaškoj svečanoj večeri, gdje su bili sakupljeni svi doglavnici, pa i sam Poglavnik. Ona je nešto morala odglumiti njima za razonodu. Tom zgodom reče jednom od najglavnijih doglavnika, pukovniku Anti Moškovu, da joj je Ive Mihovilović, zatvorenik u ustaškom zatvoru, najbliži rod, ali se nije usudila da ga u tom času ma što za njegovo oslobođenje zamoli. Zamolila me je da sa svoje strane poduzmem sve što mogu pa da se u slučaju potrebe, ako bi to koristilo, mogu poslužiti i njezinim imenom poznate hrvatske glumice”.
Druga linija
No, postojala je i druga linija intervencije kod Stepinca, koju je vodio tadašnji ravnatelj Hrvatske enciklopedije Mate Ujević te Anđelko Malinar, kasniji glavni Krležin redaktor. To je svakako najsenzacionalnija priča koja je gotovo prava, filmska. Naime, Ujević i Malinar došli su na gotovo senzacionalnu ideju da falsificiraju pismo pape Pija XII. samom Anti Paveliću, u kojem će “papa” tražiti od Pavelića da prekine s tim bezočnim pokoljima koje su ustaše provodile krajem rata.
Ujević i Malinar nemaju mnogo vremena. Zagrebom teku potoci krvi. Po zatvorima se vrše likvidacije. Odlaze kod nadbiskupa Stepinca, kojem se ideja svidjela. On ju je odobrio!
Tobožnje pismo
Kad smo doznali da se sprema vješanje i pokolj stotina uhapšenih na Savskoj cesti, i kad smo vidjeli da nikakvo pojedinačno spašavanje ne može koristiti, razmišljali smo ja i dr. Anđelko Malinar o tome što bi se dalo učiniti da se svi zajedno spase. Došao sam na misao da bi jedino eventualno moglo imati uspjeha kad bi Papin legat predao Paveliću tobožnje Papino pismo, u kome bi od njega tražio da prestane s klanjem i vješanjem uhapšenih i talaca.”
Tako se krenulo u operaciju da se takvo lažno pismo pape Pija XII. složi i odnese Paveliću. Cijela ta ideja i zakulisna operacija bila je poznata i nadbiskupu Stepincu i franjevcu dr. Petru Grabiću, provincijalu Provincije Presvetog Otkupitelja. Oni su tu akciju poduprli. Ujević ih je zamolio da nagovore Papina legata u Zagrebu Giuseppea Ramira Marconea na taj neobičan lažni diplomatski korak, što su oni odmah i učinili, smatrajući i sami da je takva prijevara jedini način da se spriječi pokolj, zgranuti sve više onim što se događa, a posebno onime što se može dogoditi u tim zadnjim tjednima rata, kad su i ustaše shvaćali kakav će im biti kraj. I Marcone je bio spreman sudjelovati u prijevari. Taj talijanski benediktinac iz samostana Monte Cassino imenovan je nakon uspostave NDH Papinim legatom pri episkopatu u NDH. Iako je formalno bio čovjek za vezu između Vatikana i Katoličke crkve u Hrvatskoj, neformalno je preuzeo i ulogu diplomatskog izaslanika Vatikana pri vladi NDH pa je sva diplomatska korespondencija išla preko njega, jer Papa nije nikoga imenovao za nuncija u Zagrebu. Vatikan nije priznao NDH.
Tko je i gdje napisao to lažno Papino pismo Paveliću, nije poznato. No Marcone je to pismo odnio Paveliću, koji je pao na trik. Smatrajući da to od njega traži sam Papa, Pavelić je izdao nalog da se uhićenici dalje ne vješaju. Ujević je opisao te događaje: “Doista, nitko poslije toga nije vješan. Tako je spašeno na stotine života članova narodnooslobodilačkog pokreta”. Ne samo da je tih dana Mihovilović bio pošteđen od opasnosti da bude smaknut, nego je i preseljen iz zatvora u Savskoj, odakle su taoci odvođeni na takva smaknuća, u zatvor u ulici Račkoga broj 9 gdje su držani i zatočenici tadašnjeg ustaškog Vojnog redarstva. Ondje je i dalje bio zatočen, ali nije bio u neposrednoj opasnosti da će ga kao taoca odvesti na smaknuće.
No, tu muka Ive Mihovilovića ne prestaje. Njega ustaše, konkretno šef ustaškog Vojnog redarstva Joso Rukavina, 6. svibnja 1945. godine, kada je ustaško vodstvo pred partizanima napuštalo Zagreb, odvodi sa skupinom drugih talaca prema austrijskoj granici, prema Bleiburgu...