Branimira Glavaša je optužnica koja je prvi put podignuta 2007., a drugi put u ponovljenom suđenju, 2017. teretila za više ratnih zločina koje su mediji kolokvijalno nazvali "slučaj garaža" i "slučaj selotejp" prema mjestu i načinu na koji su srpski civili iz toga grada privođeni, mučeni i ubijani.
U dijelu optužnice nazvanom "slučaj garaža", Glavaša se u optužnici iz 2007. teretilo da je kao čelnik osječkog Sekretarijata za obranu, u razdoblju od srpnja do rujna 1991. pripadnicima svoje prištapske bojne naređivao nezakonita privođenja srpskih civila koji su potom u prostorijama, podrumima i garažama Sekretarijata ispitivani, teško premlaćivani i na druge načine mučeni, a civili Čedomir Vučković i Đorđe Petković i ubijeni.
Prema svjedočenju Krunoslava Fehira koji se 1991. kao 16 -godišnjak dragovoljno prijavio u ZNG i postao član Glavaševe prištapske bojne (Fehirov otac bio je jedan od povjerljivih Glavaševih suradnika) u garažama tik uz zgradu Sekretarijata po Glavaševu su nalogu pritvoreni i mučeni srpski civili Đorđe Petković i Čedomir Vučković. Tortura je uključivala i prisiljavanje zatočenih da piju akumulatorsku kiselinu. Fehir je svjedočio kako je noću u kolovozu 1991. kao 16-godišnji pripadnik ZNG-a držao stražu pred garažama u kojima su bili zatočeni Vučković i Petković, te da je Vučković u jednom trenutku razdiran bolovima provalio vrata garaže. Fehir je u panici u Vučkovića ispalio hitce. Obdukcijom provedenom neposredno nakon Vučkovićeve smrti na patologiji osječke bolnice ustanovljeno je da je nesretni muškarac osim prostrjelne rane trbuha i podlaktice imao teška oštećenja unutarnjih organa što je posljedica prisilnog ispijanja akumulatorske kiseline pa je sudski vještak u sudskom postupku pravomoćno okončanom 2010. ustanovio da je preminuo od djelovanja akumulatorske kiseline, a ne od prostrjelnih rana.
Međutim, u ponovljenom suđenju provedenom nakon što je Ustavni sud 2015. ukinuo presudu Glavašu i ostalima i nakon novog vještačenja, sud je, zasad još uvijek nepravomoćno konstatirao da Vučković nije preminuo od akumulatorske kiseline nego od hitaca koje mu je zadao u to vrijeme maloljetni Fehir. Đorđe Peković je iste noći kad je Čedomir Vučković ubijen, odveden iz garaža, a tijelo mu nikada nije pronađeno. Niz osječkih civila srpske nacionalnosti svjedočio je o privođenjima i premlaćivanjima po Glavaševu nalogu o zgradi i podrumima osječkog Sekretarijata za obranu.
U dijelu optužnice kolokvijalno nazvane "slučaj selotejp" Glavaša se tereti da je kao stvarni, a od 7. prosinca 1991. i formalni zapovjednik obrane Osijeka, pripadnicima tajnog voda takozvane Samostalne uskočke satnije (SUS-a) nalagao nezakonita provođenja srpskih civila, njihova ispitivanja i mučenja u podrumu napuštene kuće u Dubovačkoj ulici u Osijeku, a zatim njihove noćne likvidacije na obali Drave u Osijeku. Svim žrtvama su nakon premlaćivanja i mučenja, neposredno pred likvidacije selotejpom ruke vezane na leđima, preko usta im je također stavljana ljepljiva traka. Potom su im ispaljivani hici u glavu i bacani su u Dravu.
Na taj su način prema optužnici mučeni i ubijeni osječki civili Jovan Grubić, dr. Milutin Kutlić, Svetislav Vukajlović, Petar Ladnjak, Milenko Stanar, Bogdan Počuča i nepoznata ženska osoba. Osma žrtva, medicinski tehničar koji je bio zaposlen u osječkoj bolnici Radoslav Ratković, nekim čudom je uspio preživjeti. U istrazi, i kasnije na sudu svjedočio je da su ga maskirani pripadnici Hrvatske vojske pokupili u njegovoj kući u Tenji kraj Osijeka, odveli u neki podrum, premlaćivali i mučili, zatim su mu ruke na leđima vezali selotejpom, ljepljivom trakom prekrili usta i pod okriljem noći odveli na obalu Drave, ispalili mu hitac u glavu i gurnuli u rijeku. Nakon što je bačen u rijeku ponovo su pucali u njega, ali metak mu je prošao kroz vilicu, pa je, iako teško ranjen, uspio isplivati na obalu i sakriti se u grmlju kraj rijeke gdje su ga pronašli prolaznici i prebacili u osječku bolnicu. Glavaševa bliska suradnica Gordana Getoš Magdić je, navodi se u optužnici, prema Glavaševu nalogu organizirala Ratkovićevu likvidaciju u bolnici, ali plan nije uspio jer su Ratkovića u bolesničkoj sobi čuvali policajci. Po izlasku iz bolnice Ratković je izbjegao u Vojvodinu i jedini je svjedok koji je u istrazi na sudu mogao iz prve ruke ispričati koji pakao su provedeni civili prolazili.
U "slučaju selotejp" uz Glavaša je optuženo i šestoro pripadnika izviđačko - diverzantske jedinice SUS-a: drugooptuženi je Ivica Krnjak, trećeoptužena je Gordana Getoš Magdić, službeno Glavaševa ratna tajnica i tajna zapovjednica tajnog četvrtog voda SUS-a čijim pripadnicima je u velikoj konspiraciji prenosila papiriće na kojima bi Glavaš ispisivao imena osječkih civila koje je trebalo privesti, mučiti i likvidirati, te članovi toga voda koji su bili izvršitelji zločina: Mirko Sivić, Dino Kontić, Tihomir Valentić i Zdravko Dragić.