Mnogi vatikanolozi bili su razočarani kada je Ratzinger, koji je 23 godine bio čuvar doktrine Ivana Pavla II., bio izabran za njegova nasljednika. Ocijenili su ponajprije da je prestar i držali da je njegovo papinstvo prijelazno.
Od samog početka novog su poglavara Rimokatoličke crkve kritičari tukli iz svih raspoloživih oružja.
- Britanski tisak cinično se poigrao njegovim imenom nazivajući ga Papa Ratzy (u aluziji na naci, od nacizma). Londonski Daily Mail's objavio je naslov "Od Hitlerove mladeži do vatikanskog tvrdolinijaša".
- Godinu dana nakon izbora na sebe je navukao bijes muslimana kada je na sveučilištu u Regensburgu ujesen 2006. citirao Manuela II. Paleologa, bizantskoga cara iz 15. stoljeća koji je rekao da je kršćanstvo tijesno vezano uz razum, a da je širenje vjere mačem nerazumno.
- Najveći izazov s kojim se morao suočiti Benedikt XVI. pedofilski su skandali koji su desetljećima bili pometani pod tepih, a razotkriveni su u doba njegova pontifikata. "Koliko samo prljavštine ima u Crkvi, čak i među onima koji bi kao svećenici trebali u potpunosti pripadati Njemu. Koliko ponosa, koliko samodostatnosti", rekao je Benedikt XVI. na misi za Veliki petak 2005., kao da je anticipirao najveći skandal koji će pogoditi Crkvu. Optužbe za pedofiliju u crkvenim redovima koju su umjesto da je osude i počinitelje izruče pravdi biskupi godinama prikrivali eksplodirale su 2009. i 2010. Bila je to najveća kušnja Benediktova pontifikata i konačno obilježje po kojemu će se pamtiti.
Papa je inzistirao na tome da Crkva preuzme odgovornost i jasno se žrtvama ispričao u ime Crkve, što dotad nitko od njegovih prethodnika nije učinio.
- Curenje dokumenata s Papina radna stola 2012., bio je novi težak skandal koji je na optuženičku klupu doveo osobu od njegova najvećeg povjerenja, njegova sobara Paola Gabrielija. Sobar je osuđen, a Papa mu je oprostio no afera je ukazala na niz financijskih malverzacija i bespoštednu borbu za vlast unutar Crkve.