Rat u Ukrajini zatalasao je i usporenu crkvenu strukturu te doveo i do raskola unutar Ruske pravoslavne crkve (RPC), koji može imati dalekosežne posljedice. Naime, Ukrajinska pravoslavna crkva Moskovskog patrijarhata (UPC MP) objavila je svoju neovisnost od ruske "središnjice", odnosno proglasili su veću samostalnost i neovisnost od Moskve. Pravoslavna crkva u Ukrajini, koja je pod jurisdikcijom RPC-a, se izdvojila. Podsjetimo da u Ukrajini egzistira i Ukrajinska pravoslavna crkva Kijevskog patrijarhata (proukrajinska crkva), koja je dobila autokefalnost 2018. godine, a u Moskvi je ne priznaju.
Na Arhijerejskom saboru u ženskom manastiru svetog Pantelejmona u Kijevu, nedaleko od sjedišta mitropolita Onufrija, donesena je odluka o punoj samostalnosti i neovisnosti UPC MP-a, koji inače ima status "crkvene samouprave u okviru moskovskog patrijarhata". Sabor UPC MP-a osudio je rat u Ukrajini jer je time, kažu, narušena Božja zapovijed "Ne ubij" te su zatražili da Kijev i Moskva sjednu za pregovarački stol.
Od početka agresije na Ukrajinu vrije u tim odnosima, pogotovo jer je ruski patrijarh Kiril, "šef" i UPC MP-a, podržao invaziju, a svećenici RPC-a blagoslivlju vojnike i oružje koje ide u Ukrajinu. Mitropolit Onufrij osudio je odmah na početku rusku intervenciju na Ukrajinu te pozvao na "molitvu za Ukrajinu, naš narod i našu vojsku", što je u Moskvi izazvalo šok i strah da se Onufrije ne prikloni autokefalnoj Ukrajinskoj pravoslavnoj crkvi Kijevskog patrijarhata, pa i nagađanja da bi ga se moglo smijeniti.
U odluci Arhijerejskog sabora izrazili su i svoje neslaganje s pozicijom patrijarha Kirila prema ratu u Ukrajini. Neki od svećenika UPC MP-a na svojim liturgijama nisu više željeli moliti niti spominjati ime patrijarha Kirila, što je on osudio, nazvavši njihovu gestu slabošću i kukavičlukom.
No, i unutar RPC-a primjetan je otpor dijela svećenika prema agresiji, a njih oko 500 potpisalo je peticiju protiv rata, unatoč tomu što patrijarh Kiril pokazuje veliko razumijevanje prema Putinovoj avanturi. A isti broj svećenika UPC MP-a potpisalo je zahtjev da se međunarodni crkveni sud izjasni o stavovima patrijarha Kirila, osuđujući njegovo djelovanje. Inicijativu je pokrenuo protojerej Andrej Pinčuk iz Dnjepropetrovske eparhije. Iz UPC MP-a su objavili da to ne znači prekid odnosa s RPC-om, dok su u Moskovskom patrijarhatu bili umjereno suzdržani, a predsjednik sinodalne uprave za međucrkvene i međureligijske odnose Vladimir Lejgoda optužio je "strane sile" da žele unijeti raskol u jedinstvo Ruske pravoslavne crkve.
No, nije to sve. Unutar raskola dogodio se raskol među raskolnicima. Naime, Krimsko-simferopoljska mitropolija nije se pridružila "neovisnosti", a i Donjecka eparhija se držala suzdržano. Naime, krimski mitropolit Lazar odbio je podržati dogovor iz svetog Pantelejmona, kazavši da je "kanonski status UPC MP-a sasvim dovoljan i optimalan u sadašnjim uvjetima" te da on ostaje vjeran Moskvi, dok su iz Donjecke eparhije kratko rekli da "crkveni život neće doživjeti bilo kakve promjene".
Iako je Rusija anektirala Krim još 2014. godine, njezina mitropolija ipak je i dalje ostala u sastavu UPC MP-a.
Javila se i autokefalna Ukrajinska pravoslavna crkva Kijevskog patrijarhata. Mitropolit Epifanij je zatražio od carigradskog patrijarha Bartolomeja da liši "crkvenog prijestolja patrijarha Kirila" zbog podrške ruskoj agresiji na Ukrajinu. Podsjetimo da je RPC prekinuo odnose s Carigradskom patrijarhom nakon što je "odobrio" autokefalnost Ukrajinskoj pravoslavnoj crkvi. Mnogi misle da bi se raskol unutra RPC-a mogao nastaviti jer se i u nekim drugim zemljama gdje se prostiru crkvene jurisdikcija RPC-a svećenici sve više bune zbog ponašanja vrha njihove Crkve.