Teška avionska nesreća EgyptAira dogodila se 31. listopada 1999. godine kada se njegov zrakoplov na letu iz Los Angelesa za Kairo srušio u Atlantski ocean. Tom je prilikom poginulo svih 217 putnika i članova posade. Istraga je na kraju pokazala kako je jedan član posade navodno namjerno srušio avion, no egipatske su službe to negirale tvrdeći da se ipak radilo o mehaničkom kvaru.
U svakom slučaju, zabilježena je snimka razgovora iz kokpita, koja je pokazala kako je u jednom trenutku, kada je kapetan otišao na WC, prvi časnik izrekao: 'Pouzdajem se u Boga'. Kad se kapetan vratio i počeo ispitivati što se točno događa s avionom, časnik ju je ponovio još sedam puta.
Kompanija se našla u problemima i u ožujku ove godine kada je njihov avion, koji je letio iz Aleksandrije za Kairo, otet i preusmjeren na Cipar, na sreću bez ikakvih posljedica. Otmičar, koji je prijetio lažnim samoubilačkim prslukom, naposljetku se predao i svi su putnici pušteni. Na kraju se ispostavilo da je riječ o psihički nestabilnom muškarcu i njegovim ljubavnim eskapadama - želio je, naime, vidjeti svoju bivšu suprugu.
Egiptu i sigurnosti njegova zračnog prometa uvelike je naštetio i incident sa zrakoplovom ruskoga Metrojeta na letu 9268 koji je 31. listopada 2015. godine letio iz Šarm el-Šeiha za Sankt Peterburg. Zrakoplov se srušio iznad Sinaja, a pritom je poginulo 217 putnika i sedam članova posade. Odgovornost za bombaški napad preuzela je tzv. Islamska država.